Líffræðifélag Íslands - biologia.is
Líffræðiráðstefnan 2017
Erindi/veggspjald / Talk/poster V28
Höfundar / Authors: Harpa M. Gunnarsdóttir, Sigríður Guðmundsdóttir, Heiða Sigurðardóttir
Starfsvettvangur / Affiliations: Tilraunastöð Háskóla Íslands í meinafræði að Keldum, Rannsóknadeild fisksjúkdóma
Kynnir / Presenter: Heiða Sigurðardóttir
Infectious salmon anaemia eða blóðþorri er tilkynningaskyldur veirusjúkdómur af völdum infectious salmon anaemia veiru (ISAV) sem sýkir Atlantshafslax. Meinvirk afbrigði veirunnar (HPRdel) eru með úrfellingar á hábreytilega svæði genabútar 6, þar sem ómeinvirka afbrigðið (HPR0) er óskert. Faraldrar af ISAV-HPRdel hafa komið upp í löndum allt í kringum Ísland en einungis ISAV-HPR0 hefur greinst hérlendis. Af sýnum sem skimuð voru 2011-2015, voru 0,63% jákvæð.
Markmið verkefnisins voru að bera saman raðgreiningarniðurstöður eftir mismunandi forvinnu sýna og að afla þekkingar á arfgerðum íslenskra HPR0 stofna og bera þá saman við stofna nágrannalanda.
Alls voru 112 ISAV-HPR0 jákvæð sýni mögnuð upp fyrir ISAV-HPR svæði genabútar 6 með RT-PCR. Afurðirnar voru raðgreindar með og án tópóklónunar. Eins voru nokkur sýni rafdregin og gelhreinsuð áður en þau voru raðgreind. Gæði raðgreiningarniðurstaðna voru metin með tilliti til lengdar á nýtanlegri basaröð og niðurstöður bornar saman á milli mismunandi undirbúningshópa.
PCR hreinsun sýna fyrir raðgreiningu gaf fleiri nothæfar niðurstöður en tópóklónuð sýni, en gæði raðgreininganiðurstaðna voru sambærileg. Raðgreiningarnar sýndu að um mjög einsleitan stofn ISAV-HPR0 er að ræða hér á landi. Samanburður við stofna í nálægum löndum staðsetur íslenska HPR0 stofninn næst þeim norska og færeyska. Þekking á arfgerðum íslenskra HPR0 stofna af ISAV nýtist við frekari rannsóknir, eftirlit og áhættumat á ISAV veirunni á Íslandi.