Elliðaárnar í Reykjavík eru einstakt vatnakerfi þar sem upptök þeirra í Elliðavatni allt til árósa í Elliðavogi er innan borgarmarka. Örveruflóra vatnakerfisins hefur lítið verið rannsökuð en markmið þessarar rannsóknar var að skoða náttúrulega  örveruflóru vatnasviðsins og saurmengun frá stöðuvatni niður að ósum. Sýni voru tekin á þremur stöðum í vatninu og sex stöðum í ánum fjórum sinnum yfir níu mánaða tímabil. Heildarbakteríufjöldi var talinn með örverugreini og með ræktunum við 4°C og 30°C. Skimað var fyrir Escherichia coli, Enterococcus spp. og Nóróveirum til að meta saurmengun. Fjölbreytileiki óræktaðra baktería var skoðaður og greint til tegunda með 16S rRNA gena raðgreiningu. Vatnið og árnar voru einnig flokkaðar m.t.t. reglugerðar nr. 796/1999 um varnir gegn mengun vatns. Niðurstöður rannsóknarinnar benda til þess að bæði árnar og vatnið séu undir talsverðum áhrifum byggðar. Mikil saurmengun fannst í vatninu og ákveðnum stöðum í ánum m.t.t. saurkólí baktería auk þess sem Nóróveirur greindust á þremur öðrum stöðum sem bendir einnig til saurmengunar. Elliðavatn var flokkað í D flokk eða ,,verulega snortið vatn“ og árnar í B flokk eða „lítið snortið vatn“, að meðaltali. Örverufjölbreytileikinn sem greindist með 16S rRNA gena raðgreiningunni var nokkuð fjölbreytilegur og töluvert breytilegur milli sýnatökustaða. Aðferðin greindi þær örverur sem eru yfirgnæfandi í náttúrulegri örveruflóru ferskvatns en tvær ættkvíslir greindust í öllum sýnum, Flavobacterium sp. og Limnohabitans sp.